עליית הנאצים לשלטון והפוגרומים שקדמו לה פגעו קשות במרקם החיים היהודי בגרמניה. באבחה אחת בא הקץ לתהליכי ההיטמעות שעברו על יהודי גרמניה מאז הקמת הקיסרות הגרמנית ב-1871, עת הוחל עקרון השוויון בפני החוק שקבע כי "כל ההגבלות הנותרות על זכויות אזרחיות ופוליטיות, המבוססות על הבדלי דת, תבוטלנה". למול האנטישמיות הגואה עמדו בתי הספר האורתודוכסים איתן בניסיון לשמר את החיים היהודיים ולהמשיך ללמד עברית, תלמוד ותנ"ך. שני בתי ספר בולטים כאלה היו בית הספר הריאלי ע"ש הירש בפרנקפורט ובית הספר תלמוד תורה בהמבורג.

בית הספר תלמוד תורה הוקם בשנת 1805 והיה לבית הספר האורתודוכסי הראשון בהמבורג. קודם לכן היו בעיר רק בתי ספר יהודיים קטנים. המיקום של בית הספר בלב העיר התחתית של המבורג עשה אותו למרכז החיים היהודיים בעיר באותה תקופה. יוזם בית הספר היה הסוחר וחוקר התלמוד מנדל פרנקפורטר, ולהקמת הבניין תרמו סוחרים יהודים אמידים כמיכאל לרמן וזיסקינד אופנהיים. בשל היותו בית ספר שממומן על ידי הקהילה, הלימודים בו היו ללא תשלום והתלמידים קיבלו בו ארוחות ואף ביגוד במידת הצורך. נלמדו בו עברית ותורה וכן כתיבה וחשבון, ובשנת 1851 מנה בית הספר כ־230 תלמידים והועבר לבניין חדש, שיוכל להכיל את תלמידיו ומוריו. לאחר הקמת הקיסרות הגרמנית בשנת 1871 ועם הרפורמות שהגיעו בעקבותיה, הוגדר בית הספר כ"בית ספר עירוני גבוה" ונלמדו בו גם צרפתית, אנגלית מתמטיקה והיסטוריה. הגידול המתמשך במספר התלמידים הוביל למעבר נוסף של המבנה הראשי של בית הספר (1911) – בסמוך לכיכר בורנפלץ ובסמוך לבית הכנסת שהיה הגדול בצפון גרמניה עד להריסתו בראשית 1939. נוסף על המבנה הראשי היו מבנים פזורים ברחבי העיר.  לאורך השנים בית הספר זכה להכרה מהרשויות על איכות ההוראה שבו, ובשנת 1932 קיבל רישיון להענקת תעודת בגרות רשמית.

את בית הספר בפרנקפורט הקים בשנת 1853 הרב שמשון רפאל הירש, מייסד האורתודוכסיה החדשה בגרמניה (תורה עם דרך ארץ), והוא שימש מנהלו הראשון. בית הספר שכן בקרבת תחנת רכבת, ורעשי הרקע של זו ליוו את בית הספר בעשורים הראשונים לקיומו. בשנות השבעים של המאה התשע־עשרה נבנה שכן חדש לבית הספר, גן החיות של פרנקפורט. גידול במספר התלמידים אילץ את בית הספר לחנוך בניין חדש בשנת 1888, ולידו נבנה גן לימודי בערוץ נהר המיין, וזה שימש את שיעורי מדעי הטבע של בית הספר. פרוץ מלחמת העולם הראשונה הביא עימו גל פטריוטיות, ומורים ותלמידים בוגרים התגייסו לצבא הגרמני, נלחמו ונפלו בחזית. בשנת 1928 מנה בית הספר כ־400 תלמידים ו־22 מורים, ושמו של הירש נוסף לשמו הרשמי של בית הספר. בבית הספר נלמדו עברית, תלמוד ותנ"ך.

סיפורם של בתי הספר מדגים את התמורות שחלו בקהילה היהודית במעבר מהמאה התשע־עשרה למאה העשרים. במאה התשע־עשרה הכלכלה הגרמנית, שעמדה בסימן התיעוש המואץ עוד טרם האיחוד, המשיכה להתעצם. האוכלוסייה גדלה מ־41 מיליון נפש בשנת 1871 ל־65 מיליון בשנת 1910, וכן היה גידול בכמות המועסקים בתעשייה ובשירותים על חשבון המועסקים בחקלאות.

היהודים נמנו בתקופה זו ברובם עם בני המעמד הבינוני לגווניו והיו בעלי השכלה וחילונים יחסית. כחלק מהשינויים במהלך המאה התשע־ְעשרה, התאפשר ליהודים ללמוד בבתי ספר שאינם יהודיים. עקב זאת הלך וגדל כוח המשיכה של בתי הספר הלא יהודיים ומספרם של בתי הספר היהודיים הצטמצם. יהודים רבים היגרו מהכפרים לערים ונטו יותר להיטמעות והשתלבות, וכך בתי הספר היהודיים שנותרו פנו ברובם ליהודים מהכפרים או לאורתודוכסים. הנתונים על מספר בתי הספר היהודיים מעידים בבירור על המשבר: 492 בתי ספר בשנת 1898 לעומת 247 בתי ספר בלבד בשנת 1913. גם בבתי הספר היהודיים שנותרו הייתה ברבים מהמקרים כיתה אחת שאיגדה מספר תלמידים בגישה רב־גילית. כך לדוגמה רק ב־30 מתוך 244 בתי הספר העממיים היהודים היו יותר מ־30 תלמידים. אומנם בערים המצב היה טוב יותר ותלמידים חבשו את ספסל הלימודים, אבל רבים מבתי הספר איבדו תוך זמן קצר את אופיים היהודי. בית הספר תלמוד תורה ובית הספר הריאלי על שם הירש היו מאלו ששמרו על כוחם, וכל אחד מהם מנה בשנת 1912 מעל 600 תלמידים.

עליית הנאצים לשלטון שינתה את חיי היום־יום גם בסביבת בית הספר. בבית הספר תלמוד תורה החלו להכין את התלמידים להגירה, ומורים יהודים שלימדו בבתי ספר שאינם יהודיים ופוטרו הצטרפו לצוות בית הספר תלמוד תורה. בית הספר קלט לראשונה בנות שנאלצו לעזוב את בתי הספר הכלליים בלחץ התקנות של המשטר הנאצי. במהלך פוגרום נובמבר 1938 נאסרו כל המורים וחלק מהתלמידים, ובשנת 1942 הופסקו בו הלימודים. ב־30 ביוני באותה שנה נסגרו סופית כל בתי הספר היהודיים בגרמניה. מתוך 343 מורים ותלמידים שעדיין למדו ולימדו בבית הספר בשנת 1942 שרדו רק 76 תלמידים ו־3 מורים. כיום בית הספר נקרא על שמו של יוסף קרליבך, הרב הראשי האחרון של המבורג שנספה בשואה.

שינויים חלו גם בבית הספר הריאלי על שם הירש. בית הספר החל ללמד גם עברית מודרנית, נוסף על העברית התנ"כית, וכן שפות נוספות שיתאימו למדיניות עידוד ההגירה של הנאצים. עם זאת בבית הספר נאלצו ללמד גם את תורת הגזע כחלק מתוכנית הלימודים הכללית. בליל הפוגרום בנובמבר 1938 נעצרו רבים מהמורים והתלמידים וחלקם אף נעלם. הצוות ניסה להמשיך בהוראה, אך במרץ 1939 נסגר בית הספר. 84 התלמידים שעדיין למדו בבית הספר הופנו ללמידה במוסדות יהודיים אחרים, ובית הספר סגר את שעריו סופית באפריל 1939. בשנת 1944 נפגע בית הספר מההפצצות של בעלות הברית. בשנת 1960 נהרסו כליל גם חורבותיו של בית הספר, וכיום עומד במקום לוח זיכרון. בשנת 1944 הקימו נכדיו של הרב הירש בניו יורק ישיבה על שמו, שממשיכה את חזונו.