ריכרד פון וייצקר (1920–2015, נשיא גרמניה בשנים 1984–1994) היה נשיא גרמניה הראשון שביקר במדינת ישראל. כמה חודשים לפני הביקור, במאי 1985, נאם פון וייצקר לפני הבונדסטאג במסגרת אירועי ארבעים שנה לתום המלחמה, בנאום שעורר הדים חזקים הן בגרמניה והן בישראל. בדבריו קרא הנשיא לעם הגרמני לשאת באחריות לתוצאות המלחמה ולא לנסות לשכוח או להשכיח את פשעיה. כמו כן הוא פנה לבני הדור הצעיר באומרו שאומנם אין הם נושאים באחריות למעשי העבר, אך עדיין מוטלת עליהם האחריות להשלכותיהם ההיסטוריות – להימנע מדעות קדומות, מעוינות ומשנאה כלפי כל קבוצה, מיעוט או עם.

למרות הנאום מעורר ההשראה, וחרף העובדה כי בתו התנדבה כשנה בקיבוץ בישראל ובנו השתלם במכון ויצמן, עברו של פון וייצקר כחייל והעובדה ששימש כעוזר סנגור ב"משפט השגרירים" – שבו בין היתר נשפט והואשם אביו ארנסט, שהיה שגריר גרמניה הנאצית בוותיקן – עוררו אי־נחת בישראל כשנודע על תוכניתו לקיים ביקור ממלכתי בארץ באוקטובר 1985.

לקראת הביקור נבחנו במכון ויצמן ובאוניברסיטת העברית בירושלים הצעות להעניק לפון וייצקר תואר דוקטור לשם כבוד. הוועדה המדעית של מכון ויצמן נימקה את המלצתה כדלקמן:

"מתוך הוקרה לתפקידו היוצא מגדר הרגיל בשירות עניינה של הדמוקרטיה […]; למאמצים האיתנים […] בקידום של הקשרים החשובים והמועילים בין מדעני הרפובליקה הפדרלית של גרמניה ובין עמיתיהם במכון ויצמן למדע […]; ולמסירות העמוקה והמתמדת לטיפוח ולביצור תגובת הגומלין בין המדע והממשל הנאור […].

הדיון באוניברסיטה העברית בירושלים היה מורכב יותר. ההליך לקביעת הענקת התואר דוקטור לשם כבוד כלל באוניברסיטה העברית, בניגוד למכון ויצמן בעת ההיא, כמה שלבים. ועדת התארים התכנסה לראשונה לדון בהצעה עוד ב־24 במאי 1985. נגיד האוניברסיטה אברהם הרמן תיאר את פועלו של פון וייצקר ופירט את הנימוקים להצעה. לוועדה הוזמן גם ג'ורג' מוסה "להוספת מידע ולהנמקת ההצעה". בשל הוויכוח שנתגלע, הוחלט לדחות את ההכרעה בשבוע ימים ועד אז "להשיג מידע על מעשיו של האיש בזמן מלחמת העולם, ולהתייעץ עם ד"ר הסלבך, יו"ר שוחרי האוניברסיטה בגרמניה". גם בפגישה השנייה, שהתקיימה שבוע לאחר מכן, נערך "דיון נוקב", ולאחר שנשמעו פרטי הביוגרפיה של פון וייצקר מפי יהודה באואר, התקיימה הצבעה: בעד – 8; נגד – 5. לאור זאת הועברה ההצעה לאישורו הסופי של הסנאט. הדיון בסנאט, שהתקיים ביוני, היה טעון וסוער. המתנגדים העיקריים היו באואר, הסטטיסטיקאית אסתר סמואל־כהן ואיש מדע המדינה זאב שטרנהל. "פון וייצקר", אמר שטרנהל, "לא רשום אצלי כמי שנלחם נגד הנאצים". בתום הדיון נדחתה ההצעה ברוב זעום של 48 מתנגדים, 44 תומכים ו־9 נמנעים.

ההתנגדות להענקת תואר הכבוד לנשיא גרמניה הייתה מבחן אחד מני רבים למתח שאותו כינה ז׳אן אמרי "בין הזמן הטבעי והזמן המוסרי", מתח שאפיין ועודנו מאפיין את יחסה של ישראל לגרמניה. חלק מחברי הסנאט קבלו כנגד "הזמן הטבעי" – הזמן הכרונולוגי, שעבר וממשיך לעבור מהשמדת יהודי אירופה, וטענו שהענקת התואר פירושה שכחה רשמית. הם ביקשו לשמר את "הזמן המוסרי" כזמן העומד מלכת ושהוא מחוץ לזמן – כלומר אינו תלוי בזמן הכרונולוגי. חלקם ביקשו להאריך את תוקף "הזמן הטבעי" בטענה כי הם מתנגדים ליחסים פעילים עם גרמניה באותו דור.

בספטמבר דלפה החלטת הסנאט והוויכוח הפך פומבי. המשבר בעקבות חשיפת החלטת הסנאט עורר חשש עמוק להמשך היחסים ובפרט להעברות הכספים מגרמניה.

התנהלות האוניברסיטה העברית בפרשה זכתה לביקורת ציבורית גם מצד 35 החברים בקבוצה הפרלמנטרית הגרמנית־ישראלית בכנסת. אחד מהם, ח"כ דב בן מאיר מהמערך, כתב מכתב נזעם לפטנקין ובו קבל על "טיפול מעליב" ל"אורח הדגול":

"זכותו של סנאט האוניברסיטה להחליט בנושא הענקת תארים כראות עיניו ולאור שיקוליו, אולם מה טעם ראה הסנאט להודיע בפומבי על סירובו להעניק את התואר? המעשה פסול וראוי לביקורת על פי כל קנה מידה של נימוס, מה גם שהאוניברסיטה נהנית מתקציבי פיתוח ומחקר רבים כל כך דווקא מגרמניה. אם ראשה של מדינת גרמניה המערבית פסול בעיני הסנאט, קל וחומר צריך כספה להידחות".

פטנקין השיב לבן מאיר כי דיוני הסנאט של האוניברסיטה הם חסויים וכי כל משתתפי הישיבה ידעו על כך. ולא זו אף זו, האוניברסיטה נקטה משנה זהירות בכך שבאספת הסנאט לא צוין שם המועמד לקבלת התואר, ובאופן יוצא דופן החליט הסנאט שלא להפיץ בין חבריו את פרוטוקול הדיון, בדיוק לשם כך – למנוע הדלפות. שלושה חודשים לאחר הדיון דלף דבר ההחלטה לתקשורת, וכן שפרסום זה גרם לאוניברסיטה מבוכה לא מעטה, אלא שהאוניברסיטה הייתה מנועה מלהגיב כיוון שהדיונים בנושא חסויים.

על אף החששות, ולמרות הביקורת הקשה שנמתחה על האוניברסיטה העברית, הוכתר ביקורו של פון וייצקר במוסד בהצלחה ואף זכה לציון "ביקור מושלם". שהותו הקצרה באוניברסיטה כללה ביקור בפורום מצומצם במרכז בובר ובחדר העבודה של הפילוסוף הנודע, ולאחר מכן בתערוכה שעסקה בקשרי האוניברסיטה עם גרמניה, בהשתתפות חברי הסנאט וחברי סגל נוספים בעלי קשרים לגרמניה. בפורום זה הוענק לפון וייצקר ספר ישעיהו בגרמנית בתרגומו של בובר ובו תיקונים והערות בכתב ידו. פון וייצקר עצמו תיאר את הביקור כך: "אחד הרשמים המתמשכים שנחקקו בזיכרוני מביקורי בישראל". במכתב התודה ששלח לרקטור האוניברסיטה אמנון פזי, הביע הנשיא את תודתו העמוקה על הביקור במכון ואת תקוותו לשיתוף פעולה בין האוניברסיטה ובין מוסדות תרבות ומדע בגרמניה, וכמו כן בין מדענים משתי הארצות. התחושה בהנהלת האוניברסיטה העברית הייתה כי בזכות הביקור המוצלח והידידות שנרקמה בין פון וייצקר לרקטור פזי הגיעה לסיומה המתיחות בין הצדדים וכי ניתן להמשיך בעסקים כרגיל.