לאחר ניסיונות חוזרים ונשנים של גרמניה הנאצית לתפוס את השלטון באוסטריה לאורך שנות השלושים, נמצאה להם שעת הכושר במרץ 1938. איטליה הסירה את חסותה מאוסטריה העצמאית והסכימה לסיפוחה לגרמניה. גם בריטניה וצרפת השלימו עם הסיפוח על אף שהיה בו משום הפרה בוטה של הסכמי סן ז'רמן משנת 1919, שבהם נאסר על אוסטריה להסתפח לגרמניה. כתוצאה מיידית של מהלך זה הורע מצבה של יהדות אוסטריה.

יהודים חיו בשטחי אוסטריה מאות בשנים. בתקופתו של הקיסר פרנץ יוזף, שהיה שליט סובלני, זכתה הקהילה היהודית לשוויון זכויות, חבריה נבחרו לפרלמנט האוסטרי והקהילה שגשגה. באמצע שנות השלושים היו בקהילה היהודית באוסטריה כ-191 אלף, כלומר כעשרה אחוזים מכלל האוכלוסייה. עם סיפוח אוסטריה לגרמניה הקיץ הקץ על החיים המשותפים, וכשני שלישים מיהדות אוסטריה מצאו מקלט במדינות אחרות לאחר הסיפוח.

בשל קושי זה ערכה התאחדות עולי אוסטריה בפלשתינה מגבית עבור הצלת ילדים יהודים מאוסטריה ועבור סיוע לקליטת הפליטים שהגיעו לארץ. לאחר ליל הבדולח, בנובמבר 1938, החל ניסיון נואש של התאחדות עולי גרמניה להוציא מגרמניה את מי שניתן, שכן ברור היה כי נסתם הגולל על יהדות זו. התאחדות עולי גרמניה ערכה מגבית כדי לסייע לגל הפליטים המתגבר, גל שגאה לאחר הפלישה הנאצית לחבל הסודטים במארס 1939 ואילץ את ההנהגה המקומית להתארגן לקליטת הפליטים בארץ.

לשם כך החליט בפברואר 1939 הוועד הלאומי לאחד את כל המגביות תחת קורת גג אחת ותחת שם אחד: "פדיון שבויים – המגבית המאוחדת מטעם הוועד הלאומי לפדיון הילד ולעזרת העולה". המגבית סייעה בהנפקת אישורי עלייה וליווי כלכלי וסוציאלי לפליטי גרמניה, אוסטריה וצ'כוסלובקיה. נוסף על כך היא הפנתה כספים שגויסו למשפחות אומנה שהתנדבו לקלוט ילדים שהגיעו ארצה בגפם וכן למוסדות ציבוריים, כמו בתי ספר ועיריות שסייעו בקליטתם. באפריל 1939 כבר נקלטו ביישוב 120 ילדים. התרומות של האוכלוסייה המקומית אפשרו לדוגמה לקלוט נערות בבית הספר לאומנות בצלאל, ושכר הלימוד שולם בעדן. ילדים נקלטו גם במקומות אחרים, כגון יקנעם, רמת השבים, כפר חסידים ונתניה.

הנהלת מגבית "פדיון שבויים" החלה מייד ברישום של משפחות המוכנות לארח או לאמץ ילדים, קרובי משפחה או זרים, עד גיל 18. בתל אביב לדוגמה הוגשו 2,600 דרישות לאיסוף ילדים, בהם 2,100 ילדים קרובי משפחה והיתר ילדים זרים. המטרה הייתה קבלת רישיונות עלייה לכ-10,000 ילדים, אך השלטונות הבריטיים התנהלו בעצלתיים ואפשרו כניסה של 500 ילדים בתנאים ברורים שכללו:

• על הילדים להיות בגיל 12–15.
• את הילדים צריכים לקלוט קרובים מסוג אח, דוד או סב הנמצאים בפלשתינה באופן לגאלי.
• כל אחד מהילדים חייב להיקלט בבית ספר.

300 ילדים נמצאו מתאימים לדרישות הבריטים, ולתל אביב הגיעו עד סוף שנת 1939 200 ילדים. כיתות מיוחדות נפתחו עבורם בבתי הספר הכלליים ובבתי הספר של תנועת המזרחי, וגם כיתה אחת בגמנסיה הרצליה. הרב הראשי משה אביגדור עמיאל הגיע להסכם עם ראשי המפעל שתרומת החברה החרדית לפרויקט תוקדש לקליטתם של הילדים הדתיים במוסדות חינוך תורניים. ילדים דתיים יתערו בתוך היישוב החרדי במטרה להבטיח שעם הגעתם למולדת לא יורחקו מכור מחצבתם.

הדחיפות הרבה שבהצלת הילדים וכן הקושי הכרוך בקליטתם באו לידי ביטוי בדבריו של ישראל ואלדמאן, מראשי המגבית, שהתראיין בנובמבר 1939 לעיתון הצופה:

לפנינו עומדת בעיה גדולה וקשה להבטיח לילדים אלה שבאים אלינו אחרי מאורעות וטלטולים נוראים חינוך מתאים. מאות ילדים מחכים עוד לסידורם. על 'פדיון שבויים' מוטלת הדאגה לסידור 500 הילדים שהגיעו ויגיעו בקרוב, על סמך 500 הרישיונות שניתנו באפריל 1939 – וכמו כן סידור של לפחות 500 ילדים מעפילים. לשם ביצוע תכנית זו, לשם סידור הילדים בשנתיים הראשונים [כך במקור] אחרי עלייתם, דרוש סך של 1,800 לא"י חודש בחודשו. ורק אם אמצעים אלה יהיו בידינו נוכל לחנך את הילדים הרחוקים עד עכשיו ממציאותה של ארצנו לאזרחים טובים יותר ומסורים למולדתינו.

כדי לגייס תרומות מהיישוב היהודי בארץ ישראל קיים המפעל קונצרטים, הרצאות, תחרויות ספורט וימי סרטים שכל ההכנסות מהם הוקדשו לפדיון הילדים והנערים, להצלתם ולקליטתם.

גם יומני כרמל הקדישו כתבה מצולמת למפעל. היומן הציג את אוניות העולים שהגיעו לחופי הארץ, את העברת הילדים למסגרות חינוכיות ואת קליטתם בחיי היישוב היהודי בארץ ישראל.

מתוך 500 הרישיונות שאושרו, 43% מהילדים היו יוצאי גרמניה, 20% יוצאי וינה, 21%  ל"פרוטקטוראט" (בוהמיה ומורביה), 10% יוצאי סלובקיה ו-6% מארצות אחרות. לאחר פרוץ מלחמת העולם השנייה, בספטמבר 1939, הופסקה פעולת ההצלה בשל סירוב הבריטים להמשך שיתוף הפעולה. בהתערבות עיקשת של משרדי הסוכנות בג'נבה נמשכה העבודה, ועוד עשרות ילדים הצליחו למצוא מקלט ביישוב היהודי בארץ ישראל, אך לאכזבת ראשי המפעל הם לא הצליחו להגיע למספרים שעליהם חלמו.