המחנה הורכב מכמה תתי־מחנות, שנבנו והופרדו זה מזה. תת־מחנה ראשון שימש לבניית המחנה ולהכשרת תנאי קליטת עצורים. תת־מחנה אחר, "מחנה הכוכבים", שימש לאסירים יהודים שסומנו לטובת תוכניות ההחלפה. אסירים אלו לא הועסקו בעבודת כפייה והם הורשו ללבוש את בגדיהם האזרחיים. תת־מחנה נוסף, "מחנה הניטרלים", שיכן אסירים יהודים בעלי אזרחות ספרדית, טורקית ומדינות ניטרליות אחרות. היה זה אחד המחנות שבהם היו התנאים היחסיים טובים יותר.

במהלך 1944 הועברו למחנה משלוחים נוספים של אסירים ממחנות שונים, בהם יהודים מהולנד, מתוניס, מלוב, מיוגוסלביה וממדינות נוספות. המחנה הורחב ונפתחו בו אזורים נוספים לשיכון אסירים שהגיעו במצב בריאותי ירוד, כולל "מחנה הבראה". באזור זה שוכנו חולים ותשושים ממחנות אחרים בתנאים קשים במיוחד. במקביל הוקם גם מחנה נשים בברגן־בלזן, ובו שוכנו נשים יהודיות שהובאו ממזרח אירופה, עם הנשים שנכלאו בברגן־בלזן נמנו גם אנה פרנק ואחותה מרגוט. שתיהן נספו במחנה במרץ 1945 בעקבות מגפת הטיפוס שפרצה בו.

בתחילת 1945 הורע המצב במחנה בעקבות הגעת צעדות המוות – אסירים ממחנות הריכוז במזרח שעמדו לקראת שחרורם בידי הצבא האדום והצטוו מפי הנאצים לצעוד מערבה, לכיוון השטחים שהשליטה הגרמנית בהם עוד הייתה מובטחת. אלפי אסירים, גברים ונשים, הגיעו במצב גופני קשה. התנאים במחנה היו קשים – צפיפות, ללא מים זורמים וללא תשתיות תברואה – ומגפות כמו טיפוס ודיזנטריה גרמו למקרי מוות רבים. בחודש מרץ 1945 לבדו מתו במחנה מעל 18 אלף אסירים.

מחנה ברגן־בלזן קשור גם לפרשת קסטנר. במסגרת העסקה שנודעה כ"סחורה תמורת דם", הגיעו ביולי 1944 למחנה כ־1,681 יהודים מהונגריה במשלוח שארגן ישראל קסטנר. הרכבת יצאה ב־30 ביוני 1944 מבודפשט, בתקופת גירוש ההמונים של יהודי הונגריה לאושוויץ. היא הסיעה את נוסעיה תחילה למחנה ברגן־בלזן שבגרמניה ולאחר מכן לשווייץ, בתמורה לכופר ששולם לקציני האס־אס. קסטנר, שפעל במשא ומתן מול אדולף אייכמן, הואשם לימים שלא הזהיר יהודים אחרים מפני גורלם ושבחר להציל בעיקר את מקורביו. לימים נקשר שמו בשערורייה ציבורית מתמשכת שאף הובילה למשפט דיבה (הידוע כ"משפט קסטנר") ולהריגתו ב־1957. בית המשפט העליון בישראל ביטל את מרבית הקביעות נגדו, אך הפרשה נותרה אחד המקרים השנויים ביותר במחלוקת בהיסטוריה של הצלת יהודים בשואה. השופטים האשימו את קסטנר בכך שמכר את נשמתו לשטן, וזאת על אף שזיכו אותו מאשמה. ב־1957 התנקשו אלמונים בחייו.

ב־15 באפריל 1945 שחרר צבא בריטניה את המחנה. הכוחות הבריטיים מצאו כ־60,000 ניצולים וכ־10,000 גופות בלתי קבורות. הבריטים נאבקו במחלות שפרצו במחנה, הקימו בתי חולים זמניים וסיפקו מזון, אך בימים הראשונים שלאחר השחרור מתו עוד כ־14,000 ניצולים.

לאחר המלחמה הפכה גרמניה, באופן פרדוקסלי, למקום הבטוח ביותר באירופה עבור ניצולי השואה. הגל הגדול של יהודים שהגיעו למחנות העקורים התרחש לאחר הפוגרום בקילצה, ביולי 1946. הפוגרום התרחש בעיר קילצה שבפולין, כאשר המון אנטישמי רצח 42 יהודים ופצע עשרות נוספים בעקבות עלילת דם. האירוע גרם ליהודים רבים להימלט מפולין ולחפש מקלט בגרמניה, בעיקר במחנות העקורים שהוקמו באזורים שבשליטת בעלות הברית.

לאחר שחרור המחנה הוחלט לשרוף את המבנים בשל הסיכון התברואתי הגבוה. סמוך לו הוקם מחנה עקורים. מחנה זה נעשה מרכז לפעילות חברתית, פוליטית ותרבותית של הניצולים. במחנה פעלו בתי ספר, תיאטראות ועיתונים, והתקיימו בו אף הכשרות מקצועיות. ניצולי השואה במחנה ייסדו עיתון ביידיש ושמרו על זהותם הלאומית והדתית. ב־1946 התקיימו במחנה יותר מאלף חתונות ונולדו בו מאות ילדים.

כיצד נראו החיים במחנה העקורים? בתוך האוהלים הגדולים, שאכסנו אלפי אנשים, הוקמו מחיצות מבד או מעץ; בין כותליהם של אוהלים אלו זוגות נישאו, קמו משפחות, ולאורך לא פחות משש שנים התקיימו חיי קהילה ומשפחה אמיתיים ומלאים. המחנה פעל לא פחות משש שנים, עד סגירתו הסופית ב־1951, לאחר שמרבית תושביו היגרו לישראל, לארצות הברית ולמדינות אחרות.

במקום שבו עמד מחנה הריכוז הוקם אתר הנצחה לזכר הקורבנות. בתחילה הייתה ההנצחה במקום מוגבלת, אך עם השנים הוקמו אנדרטאות נוספות, תערוכות ומרכז מבקרים. האתר משמש מרכז ללימוד על זוועות המחנה ועל ההיסטוריה של מלחמת העולם השנייה.