בית הכנסת הגדול במינכן נבנה בין השנים 1884–1887 ברחוב הרצוג־מקס באזור העיר העתיקה. הוא נבנה בסגנון נאו־רומנסקי בגודל מרשים ובמיקום מרכזי בעיר, דבר שהעיד על חשיבותו כמבנה ציבור בחייה העירוניים של מינכן. חזיתות בית הכנסת נבנו מלבנים חשופות שקושטו על ידי אבן מגולפת, דבר שהוסיף הוד והדר למבנה המרשים. בנייתו של בית הכנסת הביאה להאצת הגידול באוכלוסיית היהודים בעיר, גידול שהחל עוד משנת 1861, אז בוטל הצו משנת 1813 שהגביל את חופש ההתיישבות והעיסוק של יהודי בוואריה.

ב־16 בספטמבר 1887 נחנך בית הכנסת בנוכחות אישים חשובים מהשדרה הפוליטית הגרמנית. בבית הכנסת היו 1800 מקומות ישיבה, 1000 לגברים ו- 800 לנשים, והוא היה אות ומופת להשתלבותם של יהודי מינכן בחברה הגרמנית. אולם בית הכנסת גם סבל מהתנכלויות חוזרות ונשנות לאורך קיומו. בשנת 1923, עוד טרם עליית הנאצים לשלטון, ביקש ראש ממשלת בוואריה לגרש את היהודים מהמדינה. ל־180 משפחות יהודיות ממקור מזרח אירופאי ניתן צו גירוש, והן קיבלו הוראה לעזוב את המדינה. בסוכות 1923 הושחתו חלונות בית הכנסת הגדול, ובבתי כנסת קטנים יותר הוכו יהודים.

בית הכנסת הגדול במינכן היה גם הראשון שנהרס בידי הנאצים. אדולף היטלר ביקר בעיר ביוני 1938, מצא את בית הכנסת מכוער והורה על הריסתו בשל מיקומו סמוך למבנה ציבורי אחר – "בית האומנים הגרמנים". חברי הקהילה היהודית קיבלו התראה על הריסת בית הכנסת שעות ספורות לפני ביצוע הפקודה, והם פעלו לאורך כל הלילה להוצאת ספרי התורה ותשמישי הקדושה מבית הכנסת. שוויו של בית הכנסת היה בעת ההיא כ־56,000 ליש"ט, ומתוך סכום זה הוצע לקהילה פיצוי של 8,000 ליש"ט בלבד. יש חילוקי דעות אם ועד הקהילה לקח את הכסף או סירב לו. כך או כך, מעתה ואילך לא נותר ל־9,000 היהודים במינכן של תחילת שנות השלושים אלא להתפלל בבית הכנסת "אוהל יעקב", בית כנסת אורתודוקסי במרחק לא רב מבית הכנסת הגדול.

בית הכנסת הגדול לא נשרף כמו שנשרפו בתי כנסת רבים חודשים אחדים לאחר מכן בליל הפוגרום (ליל הבדולח), אלא פוצץ ופורק. חברת הבנייה שביצעה את הריסת בית הכנסת, חברת "לאונרד מול" (Leonhard Moll), אחסנה את שרידיו באחד מאתרי הבנייה שלה במערב מינכן. בשנת 1956 הושלכו כ־150 טונות של חורבות בית הכנסת ושרידים נוספים לטובת שיקום הסכר שעל נהר האיסר. על חורבות אתר בית הכנסת הוקמה חנות כולבו, וכיום נמצאת שם אבן זיכרון לציון עברו העגום של בית הכנסת שנחרב.

לוח האבן הנושא חלק מעשרת הדיברות, הלוח שנמצא במהלך עבודות השיפוץ, ניצב במקור מעל ארון הקודש בקיר המזרחי של בית הכנסת. מלבדו נמצאו גם כ־150 טונות של עמודי אבן. חברי הקהילה היהודית במינכן – שלאחר המלחמה כללה כ־2,000 איש בלבד, רובם יוצאי מזרח אירופה – התרגשו מאוד למראה לוח האבן שנמשה מהמים. מבחינתם הייתה זו עדות כמעט יחידה לקיומו של בית הכנסת הגדול.

אולם גם לאחר הריסתו של בית הכנסת הגדול באמצע 1938, ושרפתו של בית הכנסת "אוהל יעקב" בנובמבר 1938, לא תמו קשייה של הקהילה היהודית במינכן. בפברואר 1970 הוצת בית האבות היהודי של מינכן. בשׂרפה נספו שבעה מדיירי המעון ושמונה נפצעו. הנס יוכן פוגל, ראש עיריית מינכן בעת ההיא, הזמין את אזרחי העיר להשתתף בהמוניהם בלוויית הקורבנות. "עגומה במיוחד העובדה", כך אמר, "שהדבר נעשה לבני אדם שחזרו למינכן כדי לשבת בה בשלווה". שנה לאחר מכן הוקצו שלושה מיליון מרקים להקמת מרכז יהודי חדש במינכן, אולם רצח 11 הספורטאים הישראלים באולימפיאדת מינכן בספטמבר 1972 שוב הוציא מהבקבוק את השדים מן העבר וחולל משבר ביחסי ישראל–גרמניה.